Wojskowe Biuro Emerytalne w Warszawie, zgodnie z art. 11 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (t.j. Dz. U. z 2021 r., poz. 305 ze zm.) jest jednostką organizacyjną sektora finansów publicznych (jednostką budżetową) nieposiadającą osobowości prawnej.

Na mocy odrębnych przepisów – Wojskowe Biuro Emerytalne w Warszawie jest jednostką organizacyjną podległą Ministrowi Obrony Narodowej.

Nadzór nad działalnością Wojskowego Biura Emerytalnego w Warszawie sprawuje Dyrektor Departamentu Spraw Socjalnych Ministerstwa Obrony Narodowej.